商品の支払方法は、商品の配送方法に紐づいています。そのため、商品ごとに支払方法自体を指定することはできません。
支払方法に紐づく配送方法を商品ごとに設定することは可能です。

商品ごとに配送方法を指定するには以下の手順で設定が必要です。

1.支払方法を登録する

基本設定 > 支払方法設定 にて、利用する支払方法を設定してください。

詳細はこちらをご参照ください。

2.配送方法に支払方法を紐づける

基本設定 > 配送方法設定 にて、配送方法別に利用可能な支払方法を設定してください。
取扱支払方法 の「支払方法」にて、配送方法に紐づける支払方法を設定することができます。

詳細はこちらをご参照ください。

3.商品に配送方法を設定する。

出品 > 出品商品一覧 >(対象の商品情報画面)>[基本情報]タブ>基本情報 の「配送方法」にて、
商品に配送方法を設定してください。 [基本情報]タブ の詳細についてはこちらをご参照ください。

注意事項

カートに複数商品が投入されている場合、商品に共通して設定されている配送方法が表示されます。

【例】商品Aと商品Bがカートに投入されている場合
  商品A:宅配便、メール便、ネコポス が配送方法として紐づている
  商品B:宅配便 が配送方法として紐づている
  ⇒共通する配送方法【宅配便】が表示されます。
  ※共通する配送方法が存在しない場合、一度にまとめて購入することはできません。

詳細はこちらをご参照ください。